W następstwie konfliktów w kręgu jenajskim Schelling przeniósł się z Jeny do Würzburga, gdzie objął funkcję profesora filozofii. Coraz bardziej oddalał się od Fichtego i Hegla, a pod wpływem Spinozy tworzył tak zwany system tożsamości. Wobec narastających sporów z kolegami, w 1806 opuścił Würzburg.
Przeniósł się do pozbawionego wówczas uniwersytetu Monachium, gdzie związał się z dworem bawarskim. Został prezesem Monachijskiej Akademii Nauk, sekretarzem generalnym Monachijskiej Akademii Sztuk Pięknych, generalnym konserwatorem królewskich zbiorów naukowych i specjalnym preceptorem następcy tronu. Oprócz krótkiej przerwy na wykłady w Stuttgarcie (styczeń 1810) nie pełnił żadnych funkcji akademickich. Publikował coraz mniej, a jego popularność została przyćmiona przez rosnącą popularność Hegla. W 1809 roku umarła Caroline – wstrząs jakiego doznał w związku z tym zdarzeniem odbił się na jego pracy. W 1812 ożenił się z przyjaciółką, Pauline Gotter.