W 1841 roku przeniósł się do Berlina, co początkowo wywołało sensację. Władze i duchowieństwo były jednak rozczarowane jego wystąpieniem. Oczekiwały po Schellingu raczej radykalnej rozprawy z lewicą heglowską (w tym okresie Schelling był konserwatystą), szczególnie wobec zapowiadanego przez niego pozytywnego podejścia do religii. Zawiedzeni byli również studenci, którzy pod wpływem Hegla oczekiwali filozofii nowej, a nawet wywrotowej, gdy tymczasem późna filozofia Schellinga jest sucha i schematyczna. Czołowi studenci Schellinga, wśród których, obok Kierkegaarda, byli tacy myśliciele „lewicy” jak Michaił Bakunin i Friedrich Engels, przestali uczęszczać na wykłady Schellinga, które ostatecznie zawieszono w roku 1846. Schelling pozostał jednak członkiem Pruskiej Akademii Nauk, do której przyjęto go w 1842 roku. W 1842 odznaczony Pour le Mérite za Naukę i Sztukę. Kiedy po Wiośnie Ludów przeminęło zainteresowanie filozofią idealistyczną, Schelling został opuszczony i zapomniany.