Utrzymywał także stosunki z mieszkającymi w pobliskim Weimarze Goethem (który z zainteresowaniem przyjął jego poetycką filozofię natury) i Schillerem (którego nie polubił i zarzucał mu nadmierny idealizm w etyce). W okresie jenajskim Schelling odnosił sukcesy w życiu osobistym, zawodowym i intelektualnym, a odchodząc od filozofii Fichtego tworzył własny system filozoficzny, opracowując filozofię przyrody i filozofię sztuki. Powstał wtedy System idealizmu transcendentalnego (1800), Darstellung meines Systems der Philosophie (1801), dialog Bruno (1802), Vorlesungen über die Methode des akademischen Studiums (1803) i kilka studiów dotyczących filozofii przyrody. W 1802 roku Schelling uzyskał tytuł doktora medycyny na uniwersytecie w Landshut. Po przyjeździe Hegla do Jeny wspólnie wydawali pismo filozoficzne (Kritische Journal der Philosophie). Po nieudanym związku z córką Schlegel, 15-letnią Augustą Böhmer i jej tragicznej śmierci (Schellinga oskarżano o dyletanckie próby ratowania jej życia), w atmosferze skandalu związał się z samą Caroline, która opuściła dla niego męża, i z którą się ożenił.