Briefe über Dogmatismus und Kritizismus (1796), podkreślające dokonane przez Kanta rozdzielenie filozofii dogmatycznej i krytycznej, i jednocześnie będące ostrzeżeniem przed dogmatycznym traktowaniem krytycyzmu , Neue Deduction des Naturrechts (1796) poprzedzający traktat Grundlage des Naturrechts Fichtego czy Ideen zu einer Philosophie der Natur (1797) i Von der Weltseele (1798) stanowiące owoc jego studiów przyrodniczych.
W roku 1798 dzięki poparciu Goethego został profesorem nadzwyczajnym uniwersytetu w Jenie, ważnym ośrodku kulturalnym. Wraz z tzw. kręgiem jenajskim, do którego należeli m.in. Novalis, bracia Friedrich i August Schleglowie, Caroline Schlegel, Dorothea Veit, Ludwig Tieck, Schelling był jednym z twórców romantyzmu. Członkowie kręgu jenajskiego, tworzący zamkniętą grupę przyjaciół połączonych wspólnymi ideami i myślami, widzieli w Schellingu typ człowieka romantycznego, dalekiego od kantowskich i fichteańskich abstrakcji. Prowadziło to do powolnego ochładzania kontaktów Schellinga z Fichtem.