W międzyczasie, czyli w latach 1988–1992, występował w Interze Mediolan, zdobywając z nim mistrzostwo i Superpuchar Włoch oraz Puchar UEFA. Jako zawodnik Interu został wybrany na najlepszego piłkarza Europy i najlepszego sportowca świata (1991), a także najlepszego piłkarza świata (1990). W zespole, trenowanym przez Giovanniego Trapattoniego, był częścią tzw. niemieckiego tercetu, który – oprócz niego – tworzyli Jürgen Klinsmann i Andreas Brehme.
Piłkarską karierę zakończył w 2000 roku, w barwach amerykańskiego MetroStars.
Kariera reprezentacyjna thumb|left|250px|Matthäus jako reprezentant Niemiec, 2000 Dziewiętnastoletni Matthäus został powołany przez Juppa Derwalla do kadry na Euro 1980. Na tej imprezie rozegrał swój pierwszy mecz w reprezentacji Niemiec: 14 czerwca w zwycięskim 3:2 spotkaniu grupowym z Holandią w 75 minucie zmienił na boisku Bernarda Dietza. Chociaż w kolejnych spotkaniach już nie wystąpił, to mógł świętować sukces drużyny, która po raz drugi w historii zdobyła tytuł mistrza Europy.