Okres jugosłowiański Szkoła należała do najbardziej renomowanych i prestiżowych pod względem akademickim instytucji edukacyjnych w Jugosławii i była prawdopodobnie najbardziej renomowaną szkołą w Bośni i Hercegowinie. Uczyło się w niej 2000 uczniów, w tym Bośniacy, Chorwaci bośniacy i Serbowie. Wśród absolwentów szkoły tego okresu znaleźli się: historyk Vladimir Ćorović, filozof i poeta Dimitrije Mitrinović i pisarz Predrag Matvejević.
Gimnazjum zostało znacznie zniszczone podczas wojny w Bośni i Hercegowinie, szczególnie podczas wojny chorwacko-bośniackiej, gdy znajdowało się na linii frontu. Po wojnie wznowiono zajęcia dla chorwackich uczniów z Bośni na jednym piętrze zrujnowanego budynku. Uczniowie bośniaccy powrócili w 2004 roku. Remont budynku rozpoczął się w tym samym roku i został zakończony w 2009 roku. Do 1995 roku gimnazjum nosiło imię serbskiego poety Aleksy Šantića.
Teraźniejszość Obecnie Gimnazija Mostar działa w ramach dwóch odrębnych programów nauczania dla szkół średnich i dwóch całkowicie zrozumiałych dla siebie języków bośniackiego i chorwackiego, z połączonymi zajęciami sportowymi i kilkoma klasami.