Pusta przestrzeń pozostawiona we wnętrzu murów, służyła jako magazyny. Przy wschodniej bramie powstał nowy pałac, a po stronie zachodniej wybudowano cztery duże budynki administracyjne. Miasto było prawdziwym klejnotem królestwa Izraelitów, nazywanym Miastem Rydwanów.
thumb|Wykopaliska w latach 1925–1939 Po rozpadzie królestwa, Megiddo weszło w skład północnego Królestwa Izraela. Za panowania króla Omri w IX wieku p.n.e. wybudowano nową bramę obronną, a z czasów króla Achaba pochodzą stajnie mogące pomieścić nawet kilka tysięcy koni do rydwanów. Rozbudowując fortyfikacje wykopano głęboki tunel podziemny umożliwiający dostęp do źródeł wody. W 841 roku p.n.e. w Megiddo zmarł król judzki Ochozjasz. Około 835 roku p.n.e. Królestwo Izraela najechał asyryjski król Chazael, który zniszczył Megiddo i całe północne królestwo.
Następni królowie izraelscy zręcznie odzyskali utracone terytorium i rozpoczęli odbudowę zniszczonej twierdzy. Za czasów Jeroboama II Megiddo odzyskało swoje znaczenie. Miasto zbudowano w oparciu o sieć równoległych i przecinających się ulic. Wykopaliska odkryły duże silosy na zboże.