Jednak słabość ówczesnych fortyfikacji wskazuje na osłabienie militarne i gospodarcze, co było charakterystyczne dla końcowej fazy istnienia Królestwa Izraela.
Po śmierci króla Jeroboama II doszło do wewnętrznej walki o władzę, dzięki czemu Asyryjczycy z łatwością podbili Izrael. W 734 roku p.n.e. Megiddo zostało zdobyte, jednak tym razem nie zniszczono go. Miasto zostało przekształcone w nowe centrum asyryjskiej administracji, a tutejsze stajnie koni były siedzibą elitarnej jednostki jazdy asyryjskiej. Prowadziła ona wojny z położonym na południu Królestwem Judy. Podczas panowania króla judzkiego Jozjasza doszło do załamania potęgi Asyrii. Jozjasz podjął próbę powstrzymania Egiptu przed zajęciem obszarów dawnego północnego Królestwa Izraela i zastąpił drogę wojskom faraona Necho II pod Megiddo w 609 roku p.n.e. Bitwa pod Megiddo zakończyła się klęską, a sam król poległ. Miasto Megiddo zostało zniszczone i nigdy już nie odzyskało swojej świetności.
W warstwie wykopalisk z VI wieku p.n.e. widnieją pozostałości niewielkiego fortu, który zapewne pełnił funkcję koszarów wojsk perskich. Fort został opuszczony wraz z upadkiem Persji. O mieście Megiddo wspominał jeszcze prorok Zachariasz w jednym ze swoich proroctw.