na tutejsze wybrzeża zaczęły napływać „ludy morza”, za których sprawą Megiddo zostało zniszczone.
Mniej więcej w tym okresie doszło do podboju Kanaanu przez Hebrajczyków. Wówczas to Megiddo po raz pierwszy pojawia się w Biblii. Podczas podboju ziemi, Jozue pokonał między innymi króla Megiddo. Podczas podziału Ziemi Izraela pomiędzy plemiona, Megiddo wraz z mieszkańcami przypadło plemieniu Manassesa, Izraelici nie zdołali jednak zdobyć samego miasta. Z upływem czasu mieszkańcy Megiddo uznali zwierzchność Izraelitów nad sobą i pracowali przy różnych pracach publicznych. Walka z Kananejczykami była kontynuowana także po śmierci Jozuego, jednak Megiddo nie zostało zdobyte i przez długie lata pozostawało ono w rękach Kananejczyków oraz Filistynów. Z racji swojego położenia, w pobliżu Megiddo dochodziło do licznych bitew, które często rozstrzygały o losach całych wojen. W drugiej połowie X wieku p.n.e. miasto zostało splądrowane przez egipskie wojska faraona Szeszonka I, który jednak szybko wycofał się z tego obszaru. Dopiero za czasów króla Dawida miasto weszło w skład Królestwa Izraela, a swój największy rozkwit osiągnęło pod panowaniem króla Salomona. Salomon rozbudował miasto, które zajmowało wówczas powierzchnię około 6 hektarów, oraz otoczył je potężnymi murami o szerokości 3,5 metrów i wysokości 6 metrów.