Fabuła Akcja gry rozgrywa się na ok. cztery tysiące lat BBY i zawiązaniem Imperium Galaktycznego przez Dartha Sidiousa. Na jej początku gracz dowiaduje się, że Republika właśnie wyszła zwycięsko z wojen mandaloriańskich, okupując to jednak dużymi stratami. Co gorsza, dowódcy jej sił zbrojnych, rycerze Jedi Revan i Malak, którzy zaginęli dwa lata wcześniej podczas ścigania niedobitków floty Mandalorian, powrócili jako Sithowie na czele potężnej floty okrętów, mając na celu podbicie i podporządkowanie sobie całej galaktyki.
Flota Republiki zorganizowała jednak zasadzkę, podczas której grupie Jedi dowodzonej przez Bastilę Shan udało się dostać na pokład okrętu flagowego Dartha Revana i przebić się aż na mostek, by wziąć go do niewoli. W tym momencie jednak Malak wykorzystał okazję do przejęcia władzy i ostrzelał okręt Revana z intencją zabicia go.
W momencie rozpoczęcia gry nie są znane losy Revana – flotą Sithów dowodzi wówczas Darth Malak, który drogą podboju pozostawił Zakon Jedi rozproszonym i osłabionym. W trakcie wojny niezliczona ilość Jedi poległa, a wielu pozostałych rycerzy przeszła na ciemną stronę Mocy przysięgając wierność Malakowi.