Gra rozpoczyna się w chwili gdy postać gracza będąca jednym z republikańskich oficerów znajduje się na atakowanym przez flotę Malaka okręcie Republiki Endar Spire. Jej pierwszym zadaniem jest ucieczka z eksplodującego statku. Główny bohater przemierza korytarze Endar Spire pokonując napotkanych na swojej drodze żołnierzy Sithów, aż w końcu dociera do kapsuł ratunkowych, gdzie spotyka Cartha Onasiego – dowódcę okrętu, wraz z którym ewakuuje się ostatnią z kapsuł tuż przed eksplozją całego statku.
Po wylądowaniu kapsuły na pobliskiej planecie Taris postać gracza traci przytomność i doznaje dziwnej wizji. Budzi się po kilku dniach w opuszczonym mieszkaniu w towarzystwie Cartha. Ten tłumaczy mu, że atak na Endar Spire spowodowany był obecnością Bastili Shan na pokładzie okrętu. Wyjaśnia mu, że Sithowie zawzięcie poszukują Bastili z powodu jej rzadko spotykanej i niezwykle potężnej mocy – Bitewnej Medytacji – zdolności, która umożliwia podczas bitwy w znaczny sposób przechylenie szali zwycięstwa na określoną stronę konfliktu poprzez wzmacnianie umiejętności osób walczących po jednej stronie i zarazem osłabianie możliwości wrogiej armii. Ustaliwszy, że Bastila również musiała rozbić się w kapsule ratunkowej na Taris, obaj rozpoczynają poszukiwania młodej Jedi na okupowanej przez Sithów planecie.