Jetsun Kushok znani są z przekazu nauk i inicjacji Lamdre związanych z jidamem Hewadżra, przekazu nauk i inicjacji kalaczakry, Wadżrajogini, Wadżrabhajrawy i Wadżrakilaji. Są to główne formy medytacyjne jidam związane z tantrami Jogi Najwyższej w tej szkole. Szkoła sakja ponadto jest znana z ortodoksyjnego podejścia do nauk madhjamaki oraz że uznaje przekaz mahamudry pochodzący tylko z nauk tantr.
Tradycje ngor i tshar W późniejszych wiekach w obrębie tradycji sakja wyłoniły się dwie podszkoły. Pierwszą z nich była tradycja ngor, którą założył pod koniec XIV stulecia mistrz Ngorczen Kunga Zangpo. Nazwa szkoły pochodzi od ufundowanego przez niego klasztoru, który znajduje się południowo-zachodnim Tybecie, w pobliżu Sakja i Tashilhunpo. Z tradycji ngor wywodzi się wielu znakomitych uczonych, na przykład wielki Ngorczen Konczog Lhundrup, który jest autorem bardzo istotnych wyjaśnień do cyklu „Ścieżka i Rezultat” oraz tekstów wielu inicjacji i praktyk. Obecnym zwierzchnikiem szkoły ngor jest Luding Khenczen Rinpocze.