Drugą podszkołą jest tsharpha założona przez mistrza Tsharczen Losala Gjamtso (1496-1560). Był on z początku mnichem gelugpy, który przeszedł do tradycji sakja i stał się uczniem Doringpy. Otrzymał od niego pełny przekaz praktyk. Po studiach w klasztorze Nalendra w centralnym Tybecie, który należał do tradycji sakja, założył on własną linię sakja, która od jego imienia nosi nazwę tsharpa. Jej centrum znajduje się właśnie w klasztorze Nalendra, a tsharpowie słyną szczególnie ze swojego mistrzostwa w praktykach Diamentowej Drogi. Obecnym zwierzchnikiem szkoły tshar jest Czogje Triczen Rinpocze.
Szkoły tshar i ngor przetrwały obok głównego nurtu sakja do dzisiaj, a wzajemne oddziaływanie tych trzech linii decyduje o charakterze szkoły sakja.
Wielka madhjamaka szkoły sakja W tradycji sakja istnieje unikatowe podejście do nauk madhjamaki. Sakja uważa siebie wręcz za jedyną szkołę, która dziedziczy oryginalne i niezmienione podejście do nauk o „pustości” i naturze Buddy, takie jakie istniało za czasów wielkiej świetności buddyzmu w Indiach. Owe podejście nazwane jest „Wolnością od Skrajności” (tybetańska nazwa spros bra). Kiedy się rozpatruje dzieła Dzietsyna Drakpa Gyaltsen, np.