Gönczok Gjelpo był uczniem tłumacza Drokmiego, który z kolei podróżował do Indii i studiował sanskryt u Śantipy, jednego z większych mistrzów tamtych dni, autora komentarza do tantry Hewadżra. Drokmi sprowadził tę tantrę do Tybetu i przetłumaczył ją. Później stała się ona podstawowym tekstem tantrycznych praktyk sakjapów.
Pięciu Wielkich Mistrzów Pięciu nauczycieli dharmy znanych jako Pięciu Wielkich Mistrzów (tyb. Dzietsun Gongma Nga) zajmuje szczególne miejsce w historii szkoły sakja:
„trzech białych mistrzów” (praktykujących jako ludzie świeccy): Kunga Nyingpo (1092–1158) Sonam Tsemo (1142–1182) Drakpa Gyaltsen (1174–1216) oraz „dwóch czerwonych mistrzów” (będących mnichami): Kunga Gyaltsen (znany jako Sakja Pandita) (1182–1251) Czogjal Pagpa (1235–1280)
Rodzina Khon Linia przekazu szkoły sakja utrzymuje się po dziś dzień dzięki królewskiej rodzinie „Khon” reinkarnowanych lamów (tyb. tulku). Obecnym duchowym przywódcą sakji jest „Dzierżawca Tronu Sakja” z rodziny Khon J.Ś. Sakja Trizin Ngawang Kunga Tegchen Palbar Samphel Wanggi Gyalpo, 41 z Sakja Trizinów. Jednym z najwybitniejszych nauczycieli szkoły sakja jest również starsza siostra J.Ś. Sakja Trizina J.E. Jetsun Kushok Chimey Luding. J.Ś. Sakja Trizin, jak i J.E.