Powstanie styczniowe W 1862 opuścił Francję i przedostał się na Litwę w okolice Rosieni, gdzie u jednego z braci, właściciela majątku w powiecie rosieńskim, przygotowywał się do powstania. Po jego wybuchu początkowo walczył w województwie płockim w oddziałach Władysława Cichorskiego „Zameczka” i Zygmunta Padlewskiego. W marcu 1863 dostał od Rządu Narodowego rozkaz sformowania własnego oddziału i ożywienia powstania w Łomżyńskiem. W okolicy Komorowa z rozbitków partii „Zameczka” zorganizował oddział, z którym poruszał się na pograniczu województw płockiego i augustowskiego, unikając nieprzyjaciela. W dniu 25 marca przeszedł w głąb Augustowskiego. Po drodze pozyskał do powstania ochotników z Kurpiów i drobnej szlachty. Odparł atak Rosjan w folwarku Białaszewo 31 marca i pod Jaświłami (Wielkimi Jaszwilami) 2 kwietnia. Rozłożył się obozem w trudnodostępnych lasach leśnictwa Balinka, w tzw. Kozim Rynku. W dniu 16 kwietnia Ramotowski awansował na pułkownika wojska polskiego. Zwyciężył pod Jastrzębną (zob. Jastrzębna Pierwsza i Druga) 19 kwietnia, ale 23 kwietnia poniósł klęskę pod Balinką i Czarnym Brodem. Wraz z oddziałami Władysława Brandta i Wiktora Hłaski 21 kwietnia pod Kadyszem pokonał przeważające siły rosyjskie. Uciekając przed zasadzką, 28 czerwca pod Gruszkami Ramotowski pobił mającego przewagę nieprzyjaciela.