Wracając do Koziego Rynku, 29 czerwca został otoczony i pobity. Skierował się w Łomżyńskie. Odparł ataki ścigających go Moskali w Radziłowie 5 lipca i podczas przeprawy przez Narew pod Sieburczynem dwa dni później. Po wzmocnieniu oddziału pomaszerował do województwa płockiego, by przerwać linię kolejową warszawsko-petersburską. 14 lipca 1863 poniósł klęskę pod Rząśnikiem. Oddział uległ rozproszeniu, ale „Wawer” zebrał go ponownie. Wrócił w lasy koło Nowogrodu, po czym rozpuścił oddział.
Finansowo wspomagała go m.in. jedna z najbogatszych rodzin w regionie, Kisielniccy. W ich majątku w Korzenistem, gdzie Ramotowski oczekiwał dostawy broni z Prus Wschodnich, został otoczony przez Rosjan, ale wyszedł z okrążenia.
W sierpniu ponownie zorganizował oddział, jednak 3 września został rozbity pod Strzelcowizną. Ocalałym polecił dołączyć do partii w Augustowskiem, a sam, bez porozumienia z Rządem Narodowym, wyjechał do Prus Wschodnich, co władze powstańcze uznały za dezercję. Skutkowało to sądem wojennym w grudniu 1863. Zaocznie został skazany na karę śmierci, ale wyrok anulowano. Ludwik Mierosławski planujący rozszerzenie powstania na Prusy Wschodnie 25 listopada 1863 mianował Ramotowskiego organizatorem insurekcji w tym rejonie.