Poprawnego obrazu pokrewieństwa organizmów można się spodziewać jedynie w grupach monofiletycznych.
Doskonalenie metod klasyfikacji organizmów polega na dążeniu do tego, by jak najlepiej odzwierciedlały ich pokrewieństwo. Optymalny system klasyfikacji powinien oddawać rzeczywisty układ drzewa rodowego. Wszystkie taksony powinny być monofiletyczne. Współczesna wiedza zbliża nas do tego ideału, ale nie daje podstaw do skonstruowania takiego idealnego drzewa rodowego wszystkich organizmów.
Obecnie za tradycyjny można uznać podział na pięć królestw: prokarionty, protisty, rośliny, grzyby i zwierzęta. Podstawy takiego podziału zaproponowano już w XIX wieku (Richard Owen, Ernst Haeckel) przez wydzielenie królestwa odrębnego od roślin i zwierząt, ale system wykraczający poza podział na dwa królestwa upowszechnił się dopiero w drugiej połowie XX w., jako bardziej zbliżony do prawdy niż podział Linneusza. Nie jest on jednak wolny od wad, ponieważ królestwo bakterii obejmuje bakterie właściwe i archebakterie, które są ze sobą spokrewnione w sposób bardzo nieznaczny. Jest to grupa parafiletyczna, pochodząca od wspólnego przodka, ale nie stanowiąca odrębnej gałęzi drzewa. Istnieją też dane pozwalające sądzić, że archebakterie są bliżej spokrewnione z innymi organizmami niż z bakteriami właściwymi.