W sytuacji, gdy liczba kategorii systematycznych jest skończona, nie można stworzyć systemu, w którym każdy takson byłby monofiletyczny. Z drugiej strony złożoność taksonomii filogenetycznej powoduje, że trudno sobie wciąż jeszcze wyobrazić stosowanie innych niż tradycyjne systemy hierarchiczne do celów choćby dydaktycznych.
Klasyfikacja naturalna organizmów Wszystkie organizmy powstały na drodze ewolucji. Pewne gatunki wymierały, inne dawały początek nowym (specjacja). Ich historię ewolucyjną (filogenezę) można przedstawić graficznie w postaci rozgałęzionego drzewa, zwanego drzewem rodowym lub drzewem filogenetycznym. Pień tego drzewa to jeden wspólny przodek wszystkich organizmów, natomiast konary to poszczególne linie ewolucyjne.
Dana grupa organizmów (takson) jest monofiletyczna, jeśli wywodzi się od jednego wspólnego przodka i obejmuje wszystkich jego potomków. Monofiletyczną grupą są ssaki. Jeśli jednak jakaś grupa obejmuje dwa „konary” drzewa (lub więcej), to jest ona polifiletyczna. Polifiletyczną grupą są np. wszystkie organizmy cudzożywne. Z kolei mianem parafiletycznej określa się grupę skupiającą organizmy pochodzące od jednego przodka, ale nie obejmującą wszystkich potomków. Przykładem takiej grupy są dwuliścienne.