Parafiletyczne są też protisty, które pochodzą od jednego wspólnego przodka, ale będącego też przodkiem roślin, zwierząt i grzybów.
Z powodu tych wad upowszechnia się podział na trzy domeny: archeony, bakterie i jądrowce. Jądrowce (eukarionty) prowizorycznie dzielono na 4 królestwa: protisty, rośliny, grzyby i zwierzęta, a później na 6 supergrup: Opisthokonta, Amoebozoa, Excavata, Rhizaria, Archaeplastida i Chromalveolata. Te grupy są według aktualnej wiedzy monofiletyczne.
Podziały świata żywego thumb|Podział królestwa zwierząt (Animalia) zaproponowany przez Karola Linneusza w 1735 roku
Tradycyjny podział Najbardziej tradycyjny podział organizmów, wywodzący się jeszcze od Arystotelesa i Teofrasta, a utrwalony przez Linneusza to podział na dwa królestwa: zwierzęta i rośliny. Był on uznawany za obowiązujący jeszcze w pierwszej połowie XX wieku, a jego pozostałości widać wciąż w podziałach nauk biologicznych (botanika i zoologia, taksonomia roślin i taksonomia zwierząt itp.).