Jego żoną była Françoise Xenakis (1930–2018), francuska pisarka i publicystka. Para miała córkę Mâhki – rzeźbiarkę i malarkę (ur. 1956).
W 1965 Xenakis otrzymał francuskie obywatelstwo.
Zmarł w swoim paryskim domu, w wieku 78 lat.
Nagrody, odznaczenia i wyróżnienia (na podstawie materiałów źródłowych
Nagrody 1976 – Grand Prix National de la Musique 1977 – Nagroda im. Beethovena Miasta Bonn 1977 – Nagroda im. Edisona 1997 – Nagroda Kioto w dziedzinie sztuki i filozofii 1998 – Nagroda Międzynarodowej Rady Muzycznej 1999 – Polar Music Prize
Odznaczenia 1982 – Kawaler Legii Honorowej 1985 – Oficer Orderu Narodowego Zasługi 1991 – Oficer Legii Honorowej 1995 – Komandor Orderu Narodowego Zasługi
Honorowy członek Amerykańskiej Akademii Sztuki i Literatury (1975) i Instytutu Francuskiego (1983) oraz znacznej liczby innych akademii i uniwersytetów. Doktor honoris causa Uniwersytetu Edynburskiego (1989), Uniwersytetu w Glasgow (1990), Politechniki w Atenach (1992), Akademii Muzycznej w Klużu-Napoce (1993), Uniwersytetu w Bath (1997) i Uniwersytetu w Salonikach (2000).