W 1880 roku jego szczątki przeniesiono z katedry wawelskiej do Krypty Zasłużonych na Skałce.
Był fundatorem kościołów w Chotlu Czerwonym, Kłobucku, Szczepanowie, Raciborowicach i Odechowie. Wiążą się z nim także takie budynki jak Psałteria na Wawelu, Dom Długosza w Krakowie, Dom Długosza w Wiślicy, Dom Długosza w Sandomierzu oraz Uniwersytet Jana Długosza w Częstochowie.
Twórczość Autor licznych publikacji historycznych, w tym najsłynniejszego dzieła Annales seu cronicae incliti Regni Poloniae (Roczniki, czyli kroniki sławnego Królestwa Polskiego), obejmującego historię Polski od najdawniejszych czasów do 1480. W skład tego dzieła wchodzi Chorographia Regni Poloniae, która stanowi unikatowy dokument ówczesnych czasów, przedstawiający dokładniejszy obraz ziemi, a zwłaszcza hydrografię ziem polskich, oraz potwierdza zdumiewającą wiedzę i wszechstronność, jaką dysponował Jan Długosz, stawiając go w rzędzie najwybitniejszych polskich geografów.