Nawa północna (lewa) Znajduje się w niej manierystyczna konfesja Stanisława Kazimierczyka, a także neorenesansowa płyta poświęcona Bartłomiejowi Berrecciemu, który spoczywa w bazylice. Na ścianie m.in. obraz Sąd Piłata pędzla Łukasza Porębskiego z 1626 roku, oraz obraz Przemienienie Pańskie i Św. Augustyn Łukasza Orłowskiego.
Nawa południowa (prawa) Przylega do niej kaplica św. Anny, którą opiekuje się Arcybractwo Najświętszego Sakramentu i Pięciu Ran Pana Jezusa. Obok ołtarza z obrazem Św. Anny Łukasza Porębskiego znajduje się płyta nagrobna Bartłomieja Berecciego, oraz pokryte malowidłami szafy brackie. Obok kaplica Zwiastowania z monumentalnym portalem, dekoracją stiukową w kopule i brązową chrzcielnicą z I połowy XV wieku. W ołtarzu obraz Madonny z początku XVI wieku, a pod kaplicą krypta.
Organy
Organy kościelne to największe pod względem ilości głosów organy w Krakowie. Mają 83 głosy zbudowane z 5950 piszczałek oraz 20 dzwonów. Składają się z dwóch, posiadających własne klawiatury części, połączonych trakturą elektryczną: Organów głównych (63 głosy) umieszczonych na chórze muzycznym, Organów bocznych (20 głosów) mieszczących się w prezbiterium. Pierwsze organy w bazylice zbudowane zostały w 1373 roku; spłonęły w pożarze w 1594.