Nawa główna Po lewej stronie nawy, przy filarze znajduje się późnobarokowa, powstała w poł. XVIII w. ambona w kształcie łodzi z wiosłami i siecią. Żagiel jest baldachimem, na burtach łodzi wyrzeźbiono symbole ewangelistów a podtrzymywana jest przez syreny i delfiny.
Przy tęczy po lewej ołtarz z obrazem Chrystusa Salwatora, a po prawej ołtarz z obrazem Madonny. Oba namalowane przez malarza krakowskiego Łukasza Porębskiego w 1619 roku.
Prezbiterium Prezbiterium szerokości nawy głównej. Przy ścianach manierystyczne stalle wykonane w latach 1624–1632, z figurami świętych i obrazami na zapleckach ukazującymi historię zakonu (warsztat Tomasza Dolabelli). Ołtarz główny z obrazami Tomasza Dolabelli jest drewniany i bogato złocony. Najprawdopodobniej jest on dziełem warsztatu Baltazara Kuncza. Ukończono go w 1637 roku. Głównym obrazem ołtarza jest Narodzenie Chrystusa pędzla Tomasza Dolabelli, a w zwieńczeniu Zdjęcie z Krzyża (warsztat Dolabelli). Nad wejściem do zakrystii wisi pięć obrazów Wojciecha Podkory. Po prawej stronie posąg św. Stanisława Kazimierczyka.