Od 1606 poddawane były odbudowom, renowacjom i modyfikacjom; ostatnia – z 2016 roku – była renowacją miecha głównego.
Dzwony Na 70–metrowej wieży, na cały krakowski Kazimierz i okolice rozlegają się dźwięki pięciu zabytkowych dzwonów. Obecnie wszystkie dzwony są zawieszone w wieży ale do 2006 roku, Sygnaturka była zawieszona w wieżyczce na dachu bazyliki Bożego Ciała. +ImięWaga (kg)Ton uderzeniowyŚrednica (cm)Rok odlaniaUwagi1. Największy dzwonStanisław~2500 kgd'150 cm15562. Duży dzwonWawrzyniec~800 kgf'104 cm1938Został on przelany z dawnego dzwonu, zwanego Piotrem3. Średni dzwonPołudniak~270 kgc"78 cm15394. Mały dzwonAugustyn~240 kgd"72 cm15565. Sygnaturka~70 kgcis"'
Legenda Z kościołem związana jest legenda:
Pod wpływem wstrętnego głodu złota większa grupa ludzi w Krakowie podjudzonych przez diabła wdarła się ukradkiem i potajemnie w czasie oktawy Bożego Ciała do kościoła parafialnego Wszystkich Świętych i skradła i zabrała miedzianą, grubo pozłacaną monstrancję z Najświętszym Sakramentem, bardzo pięknej roboty, której wykonanie przewyższało wartość kruszcu. Dowiedziawszy się potem, że monstrancja jest miedziana, żeby nie spotkała ich surowa kara, w razie gdyby ich złapano, rzucają ją do zarosłego krzakami bagna Mate, znajdującego się niedaleko od kościoła św.