Ołtarz główny Dwukondygnacyjny główny ołtarz pochodzi z pierwszej połowy XVII wieku. Ma 21 m wysokości. Umieszczony na nim napis głosi, że został wykonany w roku 1634 (Anno Domini 1634 hoc altare extructum) za prepozytury Marcina Kłoczyńskiego, w stylu przekwitłego renesansu i zestawiony w latach 1636–1637. Ołtarz łączy w sobie włoskie elementy architektoniczne z niderlandzką sztuką dekoracji. W środkowej części nastawy ołtarza znajduje się obraz Tomasza Dolabelli Pokłon Pasterzy. Na szczycie ołtarzowej nastawy stoi figura Jana Chrzciciela. W dolnej części ołtarza znajduje się barokowe tabernakulum z XVII wieku w kształcie wielobocznej świątyni, drewniane antepedium rzeźbione w 1941 roku przez prof. Wojciecha Maciejowskiego, przedstawiające anielską adorację Hostii oraz dawne obrazy św. Krzysztofa i św. Józefa na drzwiach prowadzących za ołtarz. Na poszczególnych kondygnacjach umieszczone są rzeźbione w drewnie figury proroków Starego Testamentu: Jeremiasza, Mojżesza, Dawida oraz Izajasza i od strony prawej: Ezechiela, Daniela, Zachariasza i Micheasza. Cała struktura nastawy ołtarzowej jest nasycona uskrzydlonymi główkami cherubinów, ornamentami chrząstkowo–małżowinowymi, splotami owoców oraz festonów.