XIX wieku.
Ołtarz główny thumb|left|210px|Nawa główna z widokiem na prezbiterium i ołtarz główny thumb|left|210px|Chór i organy. Trójkondygnacyjny barokowy ołtarz główny wykonano w roku 1634 z fundacji przeora Stanisława Starczowskiego. W środkowym polu umieszczono obraz przedstawiający Mistyczne zaślubiny św. Katarzyny pędzla Andrzeja Wenesty (z roku 1674, namalowany na podstawie ryciny Paula Pontiusa według obrazu van Dycka). Obraz ufundował Maciej Kazimierz Treter, burmistrz miasta.
Korpus nawowy Korpus nawowy ma jedynie cztery przęsła, co jest efektem zaniechania budowy planowanego przęsła piątego. Obecne sklepienie nawy głównej kościoła pochodzi z XIX wieku i jest drewnianą imitacją poprzedniego, zniszczonego w czasie trzęsienia ziemi. thumb|210px|Nagrobek Spytka Jordana Wyposażenie kościoła jest bardzo skromne, co podkreśla czystość linii architektonicznych. Najcenniejszym dziełem sztuki jest znajdujący się w nawie południowej późnorenesansowy (ok. 1603) nagrobek Wawrzyńca Spytka Jordana, pochodzący z warsztatu Santiego Gucciego. W nawie południowej znajdują się ponadto renesansowy (ok. 1588) obraz alegoryczny Koło Śmierci, a także przedstawienie Matki Boskiej Kotwicznej.