W nawie północnej wisi cykl barokowych obrazów augustiańskich autorstwa Zachariasza Dzwonowskiego, ucznia Tomasza Dolabelli. thumb|left|210px|Portal w kruchcie W kościele znajduje się dwoje cennych XIX-wiecznych organów. Mniejsze (9–głosowe), na emporze w prezbiterium, zostały ukończone w 1867 przez krakowskiego organmistrza Ignacego Wojciechowskiego, większe (28-głosowe), na emporze zachodniej w szafie zaprojektowanej przez Karola Knausa są ukończonym w 1896 dziełem lwowskiego organmistrza Jana Śliwińskiego. Od południa przylega do kościoła późnogotycka kruchta z dwoma portalami o bogatej kamiennej dekoracji rzeźbiarskiej.
Kaplica św. Moniki Gotycka, surowa kaplica św. Moniki przylega do nawy od strony zachodniej. Została wzniesiona około 1402–1422 z fundacji Ścibora ze Ściborzyc jako kaplica grobowa. Od początku XVI wieku była nazywana kaplicą Węgierską. Nakryta gotyckim sklepieniem wspartym na ośmiobocznym filarze. Od 1727 roku kaplica służy jako oratorium dla sióstr augustianek – posiadają one dom zakonny po drugiej stronie ul. Skałecznej, połączony z tą kaplicą krytym gankiem nad ulicą (wybudowanym w 1728). Przed wejściem do kaplicy znajduje się obraz Matki Boskiej Kotwicznej z 1647 roku. Przy zachodniej ścianie kaplicy znajduje się manierystyczny ołtarz z ok. 1630 roku z figurą Matki Bożej;