Odnową kierowali Karol Knaus i Karol Kremer.
W okresie międzywojennym przez pewien czas w budynkach klasztornych funkcjonowała bursa studencka. Podczas okupacji hitlerowskiej niemal wszystkich zakonników wywieziono do obozów koncentracyjnych. W 1942 został kościołem parafialnym. W okresie komunistycznym rozwiązano w Polsce zakon augustianów, który został reaktywowany w Krakowie dopiero w 1993 roku. Od lat 70. są prowadzone kolejne prace konserwatorskie (m.in. odkryto kilka fragmentów polichromii z przedstawieniem św. Jana Ewangelisty).
Architektura i wnętrze Jest to kościół trójnawowy, bazylikowy, bezwieżowy, bez transeptu.
Prezbiterium Pięcioprzęsłowe prezbiterium, zakończone jest pięciobocznie; nakryte jest późnogotyckim sklepieniem gwiaździstym sprawionym po trzęsieniu ziemi w 1443 roku z fundacji Jana z Bobrka Ligęzy (herb Ligęzów – Półkozic znajduje się na zwornikach). Na łuku tęczy znajduje się XVII-wieczny krucyfiks otoczony aniołami dzierżącymi narzędzia męki pańskiej (rzeźby wykonane w okresie II wojny światowej przez Karola Muszkieta). Wzdłuż ścian ustawiono stalle w stylu neogotyckim oraz ganek muzyczny z 2 poł.