Dzień pracy w Burgdorfie rozpoczynał się wcześnie – między godziną piątą a szóstą rano. Dzieci zaczynały dzień od mycia się przy studni do połowy ciała. Następnie przez godzinę trwała tzw. „nauka moralna”, która była zawsze prowadzona przez Pestalozziego. Od godziny ósmej do dwunastej odbywały się lekcje, oddzielały je od siebie siedmiominutowe przerwy. Między godziną dwunastą a czternastą dzieci jadły obiad, a pozostały czas wolny spędzały na grach i zabawach, którym towarzyszyły ćwiczenia fizyczne z przerwą na podwieczorek. Dzień pracy kończyły kolacją, spacerem i naukami Pestalozziego.
W 1804 roku Pestalozzi został jednak zmuszony do przeniesienia zakładu z Burgdorf do Münchenbuchsee w kantonie Berno. Pestalozzi za namową przyjaciół zaprzyjaźnił się z człowiekiem o nazwisku Fellenberg, który prowadził w pobliskim Hofwil zakład wychowawczy oparty na pestalozziańskich wzorach z Neuhofu. Owocem tej przyjaźni było połączenie obydwu zakładów, zakładu w Münchenbuchsee i zakładu w Hofwil. Jednakże po krótkim czasie Pestalozzi został odsunięty od kierownictwa zakładem, co zaowocowało zerwaniem umowy i przeniesieniem swojej szkoły do zamku w Yverdon. Znalazł tam dogodne warunki lokalowe, dzięki którym mógł zorganizować zakład na szeroką skalę. Oprócz szkoły średniej i seminarium dla chłopców został utworzony instytut dla dziewcząt.