W okresie rewolucji francuskiej Pestalozzi zgłosił gotowość współpracy z nową władzą, która w 1792 roku przyznała mu honorowe obywatelstwo. Było to wyrazem uznania wyjątkowych zasług w obronie ludu. W 1799 roku powierzono Pestalozziemu kierownictwo zakładu wychowawczego w Stanz bei Landeck, Grins, przeznaczonego dla sierot wojennych. Praca ta była jego pierwszym wielkim sukcesem pedagogicznym. Rezultaty w dziedzinie wychowania i nauczania sierot wojennych przeszły oczekiwania nawet samego Pestalozziego. Utwierdziły go w przekonaniu, że wybrał właściwą drogę. Mimo tego po kilku miesiącach, na początku czerwca 1799 roku, to miejsce pracy z młodzieżą zostało zamknięte i zajęte przez wojsko w celu utworzenia zakładu szpitala. Pestalozzi po krótkich staraniach otrzymał pracę w szkółce ludowej w Burgdorfie. Mając zapewnione poparcie i pomoc finansową rządu, Pestalozzi mógł zająć się doskonaleniem swojego pedagogicznego systemu. Przy zakładzie w Burgdorfie otworzył szkołę „normalną”, czyli seminarium nauczycielskie oraz szkołę ćwiczeń dla kandydatów na nauczycieli, która z czasem przekształciła się w szkołę średnią.