Ta ocena podważyła pewność siebie Szapiry, który mimo wszystko postanowił go sprzedać brytyjskiemu rządowi. Gdy inni badający zwój eksperci także orzekli, że to mistyfikacja, antykwariusz popadł w depresję i 9 marca 1884 roku popełnił samobójstwo w hotelu Bloemendaal w Rotterdamie.
Dalsze losy Po jego śmierci zwój przejęło Muzeum Brytyjskie, które wystawiło go na sprzedaż w domu akcyjnym Sotheby’s. Nowym nabywcą został londyński handlarz książkami Bernard Quaritch. Dwa lata później, w 1887 roku, rękopis znów trafił na aukcję. Za 25 funtów kupił go angielski multimilioner Charles Nicholson. Jednakże w 1899 roku jego dom w Totteridge, gdzie przechowywał najcenniejsze zbiory, częściowo strawił pożar. Ponieważ manuskrypt zaginął, uznano, że został wówczas zniszczony.
W 2014 roku amerykański dziennikarz Chanan Tigay, zbierając materiały do książki o zwoju Shapiry, otrzymał wiadomość od niejakiego Matthew Hamiltona z Australii twierdzącego, że wie, co się stało z rękopisem. Okazało się, że poszukując informacji na jego temat natrafił w Internecie na numer Dziennika Konkologii z 1904 roku. Tam na jednej ze stron znajdował się nekrolog angielskiego lekarza, przyrodnika i kolekcjonera Philipa Brookesa Masona z informacją, że był on właścicielem zwoju Shapiry.