Na tym stanowisku, sprawowanym do maja 1919 r., Iwanow-Rinow przekonał atamana Siemionowa do podporządkowania się zwierzchności Kołczaka, sformował dywizję piechoty i brygadę kozackiej kawalerii, jednostki artyleryjskie i inżynieryjne. Równocześnie siłą podporządkował rządowi Kołczaka ziemstwa oraz dumy miejskie na Dalekim Wschodzie, oczekujące, iż pod rządami białych zachowają szeroką autonomięJ. D. Smele, Civil war…, s. 271-272.. Podległe mu oddziały dopuszczały się regularnie zbrodni na cywilnej ludności Syberii, pozostając całkowicie bezkarne; adm. Kołczak nie miał faktycznie żadnej kontroli nad siłami Iwanowa-RinowaJ. D. Smele, Civil war…, s. 385..
W maju 1919 r. został ponownie zawezwany do Omska oraz do stanic kozackich nad Irtyszem, by formować Wydzielony Syberyjski Korpus Kozacki. 28 lipca 1919 odbył triumfalny wjazd do Omska, ponownie okrzyknięty naczelnym atamanem Kozaków syberyjskich. Adm. Kołczak polecił, by ograniczone zasoby zaopatrzenia i wyposażenia, jakie jeszcze posiadali biali, w pierwszej kolejności były przekazywane kozackiemu korpusowi. 10 sierpnia 1919 w intencji tworzonych przez niego sił odprawiono specjalne nabożeństwo w soborze św. Mikołaja w Omsku;