Kołczak mianował go gubernatorem wojskowym Władywostoku i upoważnił do objęcia reżimem wojskowym całego obszaru nadmorskiego, nadamurskiego, Sachalina oraz KamczatkiJ. D. Smele, Civil war…, s. 151.. Gdy Kołczak dokonał przewrotu i przejął pełnię władzy na kontrolowanej przez białych Syberii, Iwanow-Rinow natychmiast uznał go jako wielkorządcę Rosji, chociaż wcześniej twierdził, że Kołczak, jako oficer marynarki, nie miał kompetencji potrzebnych do zajmowania stanowiska ministra wojnyJ. D. Smele, Civil war…, s. 173.. Od grudnia 1918 r. do maja 1919 r. był zastępcą ds. wojskowych gen. Dmitrija Chorwata, najwyższego pełnomocnika Kołczaka na Dalekim Wschodzie, po czym wrócił do Omska.
W grudniu 1918 Iwanow-Rinow dowodził tłumieniem antykołczakowskiego „czerwonego” powstania w Omsku, przeprowadzając pacyfikację w robotniczych dzielnicach miasta i nakazując zbiorowe egzekucjeJ. D. Smele, Civil war…, s. 169-170.. Należał do tych dowódców białych na Syberii, którzy wyróżniali się osobistym okrucieństwem. Po wydarzeniach w Omsku Kołczak pozbawił Iwanowa-Rinowa dowództwa Armii Syberyjskiej i nakazał mu powrót do Władywostoku na stanowisko dowódcy Nadamurskiego Okręgu Wojskowego białej Armii Rosyjskiej.