Szczekowskiego wyjaśniono przyczyny wpłynięcia do portu. Władze estońskie zgodziły się na 24-godzinny pobyt polskiego okrętu, informując że wyjście może nastąpić w 24 godziny po opuszczeniu portu przez niemiecki statek „Thalatta”, który akurat znajdował się w Tallinnie. Po wizycie dowódca okrętu odwieziony został do szpitala. Na „Orła” przybył oficer estoński i poinformował zastępcę dowódcy, kpt. mar. Jana Grudzińskiego, o warunkach pozostania w porcie. Znaczna część załogi zeszła na ląd do łaźni, gdzie dokonano przeglądu medycznego. Do szpitala zabrany został również mat. M. Barwiński. Z okrętu zdemontowano sprężarkę i odesłano na ląd celem naprawy. Wkrótce potem obok „Orła” usadowiła się estońska kanonierka „Laine”. W godzinach popołudniowych na okręt ponownie przybył oficer estoński z oddziałem marynarzy i poinformował kpt. mar. J. Grudzińskiego, że okręt zostaje internowany. Dowódca w eskorcie oficera estońskiego udał się do polskiego poselstwa w Tallinnie. Nakazano zachować spokój, a także zniszczyć tajne dokumenty. Kpt. mar. J. Grudziński zaczął pełnić obowiązki dowódcy „Orła” Po powrocie na okręt, z-ca d-cy por. mar. A. Piasecki zniszczył tajne dokumenty. „Orzeł” został przeholowany w głąb portu. Z okrętu zabrano mapy, dziennik nawigacyjny oraz broń ręczną.