03.50 okręt zanurzył się i dalej patrolował rejon Zatoki Gdańskiej. Około godz. 08.00 dowódca „Orła” zdecydował się na samowolne opuszczenie sektora i skierował się na północ w kierunku Gotlandii. W trakcie przejścia okręt był kilkakrotnie bombardowany przez niemieckie samoloty pomiędzy godziną 15:15 a 16:20. 5 września ponowne ataki samolotów Luftwaffe na „Orła”. 6 września przybycie okrętu w rejon Gotlandii. 7 września „Orzeł” nawiązał łączność radiową z Sępem informując go, że idzie w kierunku północnym. W trakcie przejścia okręt wpłynął w pole minowe, które szczęśliwie przeszedł. 8 września pogorszenie się stanu zdrowia dowódcy okrętu. 10 września „Orzeł” nadał meldunek do dowódcy dywizjonu o chorobie kapitana, która uniemożliwia mu dowodzenie okrętem. W odpowiedzi dowództwo floty poleca wysadzić kapitana w neutralnym porcie i działać pod rozkazami jego zastępcy lub podejść na Hel celem zamiany dowódcy. Po naradzie, dowódca kmdr. ppor. H. Kłoczkowski zdecydował się zawinąć do Tallinna. 14 września około godz. 21.30 „Orzeł” wpływa na redę Tallinna koło półwyspu Paljassar. 15 września po zgodzie władz estońskich okręt wchodzi do portu. Po zacumowaniu kapitan wraz z ppor. mar. M. Mokrskim udają się z wizytą do dowódcy floty estońskiej, gdzie w obecności polskiego attaché ppłk S.