Zaplombowano radiostację. 16 września Estończycy zabrali z okrętu część torped i zamek do działa 105 mm oraz amunicję. 17 września dalsze rozbrajanie okrętu, głównie torped, których zabrano z okrętu czternaście sztuk z dwudziestu jakie okręt posiadał. 18 września o godz. 03.00 załoga okrętu obezwładnia dwóch marynarzy estońskich, przecina kable telefoniczne i elektryczne oraz cumy i „Orzeł” rozpoczyna manewr wyjścia z zaciemnionego portu. W czasie tych manewrów okręt wchodzi dziobem w ostrogę falochronu i zostaje czasowo unieruchomiony. Po oświetleniu okrętu Estończycy otwierają ogień z karabinów maszynowych i dział artylerii nadbrzeżnej. W tym czasie „Orzeł” uwalnia się z ostrogi i rusza ku wyjściu z portu. Podjęty pościg okrętów estońskich nie przynosi rezultatu, gdyż „Orzeł” po wyjściu zanurza się i kieruje się na Wyspy Alandzkie. Dowódca okrętu powiadamia Hel otwartym tekstem o ucieczce i braku szyfru i map. 19 września „Orzeł” odbiera komunikat radiowy z Londynu o swojej ucieczce i oskarżeniu załogi przez propagandę niemiecką o zamordowaniu dwóch estońskich wartowników. Na okręcie, nawigator ppor.