náhľad|Oxyaniónová diera serínovej proteázy stabilizuje záporný náboj vznikajúci na substráte v tranzitnom stave pomocou vodíkových väzieb, ktoré sú tvorené amidovými skupinami peptidovej kostry. Oxyaniónová diera je vrecko v aktívnom mieste enzýmu, ktoré stabilizuje záporný náboj na deprotonovanom kyslíku či alkoxide v tranzitnom stave. Toto vrecko je typicky zložené z amidových skupín peptidovej kostry alebo z pozitívne nabitých reziduí. Stabilizácia tranzitného stavu znižuje aktivačnú energiu, ktorá je potrebná na to, aby prebehla reakcia, čím napomáha katalýze. Proteázy, ako je napríklad chymotrypsín, obsahujú oxyaniónovú dieru na stabilizáciu tetraédrického intermediátu, ktorý vzniká počas proteolýzy, a chráni negatívne nabitý kyslík substrátu pred molekulami vody. Takisto môžu pomôcť pri vstupe substrátu alebo jeho správnom natočení, inak by mohlo dôjsť k stérickému bráneniu, ak by substrát nemohol dieru obsadiť (napríklad BPG u hemoglobínu). Enzýmy, ktoré katalyzujú viackrokové reakcie, môžu mať niekoľko oxyaniónových dier, ktoré stabilizujú rôzne tranzitné stavy vznikajúce pri reakcii.
Referencie
Pozri aj Enzýmová katalýza Serínová proteáza
Iné projekty
Zdroj
Kategória:Enzýmy Kategória:Štruktúra proteínov