Во популациската генетика се направени истражувања за генетското потекло на современите Јапонци.

Преглед Од гледна точка на генетските студии, Јапонците:

Потекнуваат и од народот Јајои и од хетерогената популација Џомон.Late Jomon male and female genome sequences from the Funadomari site in Hokkaido, Japan - Hideaki Kanzawa-Kiriyama, Department of Anthropology, National Museum of Nature and Science 2018/2019en Генетски се најслични на Корејците, Риукјуанците и Аину, меѓу другите источноазиски луѓе.

Потекло десно|мини|315x315пкс|Покривка на ледниците во Јапонија на врвот на последната глацијација пред околу 20.000 години мини|280x280пкс|Главните миграциски рути во Јапонија за време на периодот Џомон и Јајои мини|280x280пкс|График на геномски PCA на населението, што ја прикажува подструктурата на популациите од Источна Азија, вклучувајќи ги и анализираните јапонски примероци на Џомон. Јапонскиот кластер (квадрат) речиси не се разликува од кластерот на корејскиот народ (кругот), додека примероците на Џомон се поместени кон сибирскиот кластер во поизразена позиција. (2019) мини|280x280пкс|Профил на потеклото на јапонските генетски кластери што ги илустрира нивните генетски сличности со пет копнени азиски популации. Заедничко потекло на јапонскиот јазик беше предложено од страна на голем број научници откако Араи Хакусеки прв ја изнесе теоријата и Фуџи Садамото, пионер на модерната археологија во Јапонија, исто така го третираше ова прашање во 1781 годинаMiller, Roy A. The Japanese Language. Tokyo: Charles E. Tuttle. 1967, pp. 61-62 Но, по крајот на Втората светска војна, Котондо Хасебе и Хисаши Сузуки тврдеа дека потеклото на Јапонците не биле дојденците во периодот Јајои (300 п.н.е. - 300 н.е.), туку луѓето во периодот Џомон. Сепак, Казуро Ханихара објави нова теорија за расна мешаница во 1984 година. Ханихара, исто така, ја објави теоријата „модел на двојна структура“ на англиски јазик во 1991 година. Според Ханихара, модерните јапонски лоза започнале со народот Џомон, кој се преселил во јапонскиот архипелаг за време на палеолитот. Ханихара верувал дека имало втор бран на имигранти, од североисточна Азија до Јапонија од периодот Јајои. По проширувањето на населението во неолитот, овие новодојденци потоа го нашле својот пат до јапонскиот архипелаг некаде во периодот Јајои. Како резултат на тоа, мешањето било вообичаено во островските региони Кјушу, Шикоку и Хоншу, но не преовладувало на оддалечените острови Окинава и Хокаидо, а народот Рјукјуан и Аину продолжил да доминира таму. Марк Џеј Хадсон тврдел дека главната етничка слика на Јапонците била биолошки и лингвистички формирана од 400 п.н.е. до 1200 г. Во моментов, најпознатата теорија е дека денешните Јапонци се потомци и на домородниот народ Џомон и на имигрантскиот народ Јајои.

Од друга страна, една студија објавена во октомври 2009 година од Националниот музеј на природата и науката и сор. заклучил дека човекот Минатогава, кој бил пронајден во Окинава и се сметал за доказ дека народот Џомон не бил хомогена група и дека овие јужни Џомон дошле во Јапонија по јужна рута и имале витко и понеомонголоидно лице за разлика од северниот Џомон. Хирото Такамија од Универзитетот Сапоро предложил дека луѓето од Кјушу емигрирале во Окинава помеѓу 10 и 12 век н.е.Hideaki Kanzawa-Kiriyama, Kirill Kryukov, Timothy A Jinam, Kazuyoshi Hosomichi, Aiko Saso: . In: . Band 62, Nr. 2, 1. September 2016

Студијата од 2011 година на Шон Ли и Тошиказу Хасегава објави дека заедничкото потекло на јапонските јазици потекнувало околу 2.182 години пред сегашноста.

Студијата спроведена во 2017 година од Универзитетот Улсан во Кореја покажа докази дека генетското потекло на Корејците е поблиску до она на Југоисточна Азија (Виетнамци). Ова беше дополнително поддржано од јапонското истражување спроведено во 1999 година кое ја поддржа теоријата дека потеклото на народот Јајои е во јужна Кина во близина на реката Јангце.

Потеклото на народот Џомон и Јајои често беше предмет на спор, а еден неодамнешен јапонски издавачfrom the book, 2009, Japanese published by Heidansha. "日本人". マイペディア. 平凡社. Original sentence:旧石器時代または縄文時代以来、現在の北海道から琉球諸島までの地域に住んだ集団を祖先に持つ。シベリア、樺太、朝鮮半島などを経由する北方ルート、南西諸島などを経由する南方ルートなど複数の渡来経路が考えられる ги подели потенцијалните правци на луѓето што живеат на јапонскиот архипелаг на следниов начин:

Абориџините кои живеат во Јапонија повеќе од 10.000 години. (Без географска разлика, што значи, групата луѓе кои живеат на островите од Хокаидо до Окинава може да се сметаат за Абориџини во овој случај.) Имигранти од северната рута (北方ルート на јапонски) вклучувајќи ги и луѓето од Корејскиот полуостров, Кина и островот Сахалин. Имигранти од јужната рута (南方ルート на јапонски) вклучувајќи ги луѓето од Тихоокеанските острови, Југоисточна Азија и во одреден контекст, Индија.

Сепак, не е постигнат јасен консензус.

Една студија од 2017 година го проценува потеклото на Џомон кај луѓето од Токио на приближно 12%.

Во 2018 година, независното истражување спроведено од директорот Кеничи Шинода и неговиот тим во Националниот музеј за природа и наука беше емитувано на NHK Science ZERO и беше откриено дека современите Јапонци се генетски исклучително блиски со современите Корејци.

Студијата за геном покажува дека современите Јапонци (Јамато) воопшто немаат многу потекло на Џон. Анализата на јадрениот геном на примероците на Jōmon и современите јапонски примероци покажуваат силни разлики. Различни студии го проценуваат процентот на потеклото на Џомон кај Јапонците на околу 9-13%, а остатокот потекнува од подоцнежните миграции од Азија, вклучувајќи го и народот Јајои.

Студијата, објавена во печатот на Универзитетот Кембриџ во 2020 година, сугерира дека народот Џомон бил прилично хетероген и дека исто така имало миграција пред Јајои за време на периодот Џомон, што може да биде поврзано со доаѓањето на јапонските јазици, што значи дека Јапонскиот е еден од јомонските јазици. Се претпоставува дека оваа миграција се случила пред 6000 п.н.е., значи пред вистинската миграција Јајои.

Најпопуларната теорија е дека народот Јајои бил луѓето кои донеле влажно одгледување ориз во Јапонија од Корејскиот полуостров и Џијангнан во близина на делтата на реката Јангце во античка Кина. Според неколку јапонски историчари, Јајои и нивните предци, Ваџин, потекнуваат од денешната провинција Јунан во јужна Кина.鳥越憲三郎『原弥生人の渡来 』(角川書店,1982)、『倭族から日本人へ』(弘文堂 ,1985)、『古代朝鮮と倭族』(中公新書,1992)、『倭族トラジャ』(若林弘子との共著、大修館書店,1995)、『弥生文化の源流考』(若林弘子との共著、大修館書店,1998)、『古代中国と倭族』(中公新書,2000)、『中国正史倭人・倭国伝全釈』(中央公論新社,2004) Сува Харуо сметал дека Ва-зоку (Ваџин) е дел од Баијуе (百越).諏訪春雄編『倭族と古代日本』(雄山閣出版、1993)また諏訪春雄通信100

Неодамнешните целосни анализи на геномот во 2020 година од Boer et al. 2020 година и Јанг и сор. 2020 година, открива некои дополнителни информации во врска со потеклото на народите Џомон. Утврдено е дека тие главно настанале од палеолитско сибирско население и источноазиско население.

Студијата објавена во списанието Science Advances покажа дека народот на Јапонија имал генетски потписи од три древни популации, а не само две како што се мислело претходно. Студијата наведува дека покрај претходно откриените нишки Џомон и Јајои, се претпоставува дека е воведена нова нишка за време на транзицискиот период Јајои-Кофун, која имала силен културен и политички афинитет со Кореја и Кина. Оваа група беше класифицирана под „источно-азиско“ потекло кое беше претставено од северните Хани Кинези во Пекинг. Се верува дека современите Јапонци се составени од Јомон, североисточна Азија (Јајои) и новооткриените источноазиски предци. „Никеи“ објави статија која покажува дека нишката Кофун во современиот јапонски јазик е концентрирана во одредени региони како што се Кинки, Хокурику и Шикоку.

Според студијата за мерења на генетско растојание од голема генетска студија од 2021 година, насловена како „Геномски увиди во формирањето на човечките популации во Источна Азија“, модерната „јапонската популација може да се моделира како што потекнува од корејски (91%) и Џомон (9%)“.

Горенаведената студија е дополнително поддржана од неодамнешните студии во 2022 година, кои заклучија дека древниот народ Џомон бил присутен надвор од Јапонија, но подоцна биле значително намалени поради приливот на протокорејци кои потекнуваат од реката Западна Лиао, кои пристигнале во двете Корејскиот полуостров и јапонскиот архипелаг.

Антропометрија Стивен Фазант (1986), кој предаваше анатомија, биомеханика и ергономија во Кралската слободна болница и Универзитетскиот колеџ во Лондон, рече дека луѓето од Далечниот Исток имаат сразмерно пократки долни екстремитети од европските и црните африкански луѓе. Фазант рече дека пропорционално кратките долни екстремитети на луѓето од Далечниот Исток е разлика што најмногу се карактеризира кај Јапонците, помалку кај Корејците и Кинезите, а најмалку кај виетнамците и тајландците.Pheasant, Stephen. (2003). Bodyspace: Anthropometry, ergonomics and the design of work (2nd. ed.). Taylor & Francis. Page 159. Retrieved March 14, 2018, from Google Books.

Рајвир Јадав и сор. (2000) го наведоа односот на седечка висина и раст на различни популации: јужноиндиски (0,4922), женски индијци (0,4974), источни индијци (0,4991), југоисточни африканци (0,5096), централни индијци (0,5173), САД (0,5202), западни Индиски (0,5243), германски (0,5266) и јапонски (0,5452).

Хирофуми Мацумура и сор. (2001) и Хидео Матсумото и сор. (2009) рече дека јапонскиот и виетнамскиот народ се смета за мешавина од североисточни и југоисточни азијци. Сепак, количината на северна генетика е поголема кај Јапонците во споредба со Виетнамците, кои се поблиску до другите Југоисточни Азијци (народот Тајланд или Бамар).

Невил Мореј (2005) рече дека, за корејските и јапонските пилоти, висината на седењето е повеќе од 54% од нивниот раст, со околу 46% од нивниот раст од должината на нозете. Мореј рече дека, за Американците и повеќето Европејци, висината на седењето е околу 52% од нивниот раст, со околу 48% од нивниот раст од должината на нозете. Мореј посочи дека се потребни модификации во основната геометрија на пилотската кабина за да се примат јапонските и виетнамските пилоти. Мореј рече дека Јапонците имаат подолго торзо и повисока точка на рамениците од Виетнамците, но Јапонците имаат приближно слична должина на рацете како Виетнамците, така што контролниот стап ќе треба да се помести за 8 цм поблиску до пилотот за Јапонците и 7 цм поблиску до пилотот за Виетнамците. Мореј рече дека, поради тоа што имаат пократки нозе од Американците, педалите на кормилото мора да бидат поблиску до пилотот за 10 цм за Јапонците и 12 цм за виетнамците.Moray, Neville. (2005). Ergonomics: The history and scope of human factors. London and New York: Taylor & Francis. Pages 298 & 327. ISBN: 0-415-32258-8 Google Books link.

Краниометрија мини|288x288пкс|Според Пиетрушевски, групата која е најслична на јапонските кранијални коски биле Корејците. Во меѓувреме, Кинезите, Монголците и Југоисточните Азијци се разликуваа од Јапонците. (2010) Ешли Монтагу (1989) рече дека „ монголоидниот череп генерално, без разлика дали е кинески или јапонски, е прилично повеќе неотенизиран од кавказоидниот или европскиот...“