Szapolyai János Zsigmond (teljes nevén János Zsigmond István,„Török Bálint és György barát tartá víz fölé a csecsemőt, a ki atyja kívánságához képest saját és anyai nagyatyja nevéről János Zsigmond nevet kapott s melléknevül a Szentszék óhajtására (első királyunkra emlékezve) Istvánt,” (Lásd Veress, 1901) ; Buda, Magyar Királyság, 1540. július 7. – Gyulafehérvár, Erdélyi Fejedelemség, 1571. március 14.), a Szapolyai-házból származó magyar király 1540 és 1551, valamint 1556 és 1570 között II. János néven, továbbá az első erdélyi fejedelem 1570-től haláláig. I. János magyar király és Jagelló Izabella királyné egyetlen fia volt. Apja I. Szulejmán oszmán szultán támogatásával kormányozta a kora újkori Magyar Királyság egyes részeit, míg I. Ferdinánd király a fennmaradó területeket. A két király között dúló polgárháborús helyzetet az 1538-as békeszerződés zárta le, amely értelmében János király halála után a Habsburg-ház fennhatósága alá került volna az általa korábban kormányzott országrész. Nem sokkal születését követően apja elhunyt, végakarata szerint (semmibe véve a váradi békét), ő lett I. János király örököse, ám magyar királlyá koronázására sosem került sor.
Miután a szultán 1541-ben bevette Budát, János Zsigmondnak adta az ország keleti részét, a mai Partium és Erdély területeit. A gyermekkirály régense édesanyja, Izabella királyné lett. A kormányzást kezdetben Fráter György intézte. Székhelyüket előbb Lippában, majd Gyulafehérvárott rendezték be. A kormányzó tárgyalásainak hatására Izabellának és János Zsigmondnak 1551-ben végül le kellett mondani, és átadni a hatalmat Ferdinándnak, kárpótlásul a sziléziai Opole és Racibórz hercegséget kapták meg. Lengyelországba menekültek a királyné családjához, ám édesanyja továbbra is folytatta a tárgyalásokat János Zsigmond hatalmának visszaállításáról.
Mivel Ferdinánd király nem tudta megvédeni a keleti országrészt az Oszmán Birodalommal szemben, így 1556-ban lemondott a területekről, az erdélyi országgyűlés pedig visszahívta az ekkor még mindig kiskorú János Zsigmondot, aki helyett továbbra is édesanyja uralkodott annak 1559-es haláláig. Kormányzásuk alatt egy művelt reneszánsz udvart rendeztek be a gyulafehérvári palotában. Balassa Menyhért 1561 végén fellázadt ellene, számos felső-magyarországi területet átjátszva így a császárnak. II. Miksa törökökkel szemben kirobbant háborúját az 1568-as drinápolyi béke lezárta, egyúttal megerősítette János Zsigmond helyzetét is a keleti országrészben.
János Zsigmond katolikusként nevelkedett, majd amikor az 1560-as években elkezdett terjedni a reformáció az általa vezetett országrészben is, 1562-ben áttért előbb az evangélikus, majd 1564-ben a kálvinista vallásra. Nagy hatással voltak rá udvari orvosa, Giorgio Biandrata és Dávid Ferenc püspök tanításai, amelyek elsajátítása után ő lett a történelem első unitárius vallású uralkodója. Az 1568-as tordai országgyűlésen elfogadták, az európai történelemben elsőként, az általános vallásszabadságot. 1570-ben megkötötték a speyeri szerződést, ettől kezdve uralkodói címe Erdély és Magyarország hozzákapcsolt részeinek fejedelme () lett, valamint ezzel megalakult az Erdélyi Fejedelemség, amelynek ő lett első uralkodója. Gyermektelenül, 1571-ben hunyt el, nyughelye a gyulafehérvári érseki székesegyházban található.
Magyar király és erdélyi fejedelem
A gyermekkirály bélyegkép|jobbra|Szulejmán és a 26 éves János Zsigmond találkozója Zimonyban 1566-ban Szapolyai János magyar királynak és I. Zsigmond lengyel király leányának, Jagelló Izabellának a fia. Még születése évében, 1540 szeptemberében, a rákosi országgyűlés II. János néven Magyarország királyává választotta. Bizonytalanabb volt a jogállása, mint Habsburg Ferdinándnak. A magyar királyi címet és hatalmat az 1526-os pozsonyi országgyűlésen megszerző Habsburg Ferdinánd nem ismerte el uralkodói jogait, mert annak apjával, I. (Szapolyai) Jánossal kötött, és hatalmi vetélkedésüknek véget vető 1538. évi váradi békemegállapodás szerint János király halála után az általa uralt országrészek akkor is I. Ferdinándra szálltak volna, ha Szapolyainak időközben fia születik. Ferdinánd magyar királyi jogcímét a regnáló nádor által törvényesen összehívott pozsonyi országgyűlés választása jelentette, ahol azonban csak 13 magyarországi főúr jelent meg 1526. december 17-én. A kis- és középnemesség távol maradt az eseménytől. Szapolyai Jánost több mint egy hónappal korábban szabályosan, de illegitim módon összehívott országgyűlésen választották meg magyar királynak.
Habsburg Ferdinánd folyamatosan próbálta érvényesíteni a Habsburg–Jagelló örökösödési szerződésben meghatározott, az országgyűlésen szentesített jogait Magyarországon. Ennek törvényes alapját az a kettős házassági szerződés képezte, aminek eredményeként 1521-ben megköttetett a Ferdinánd főherceg és a néhai magyar király, II. Ulászló lánya, Jagelló Anna, valamint Ulászló fia, II. Lajos király és Ferdinánd húga, Habsburg Mária közti frigy. Miután a mohácsi csatában elesett II. Lajossal kihalt a Jagellók cseh-magyar ága, e megállapodásra hivatkozva nyújtotta be a magyar trónra vonatkozó igényét I. Habsburg Ferdinánd. Ígérgetésekkel sikerült a maga oldalára állítani a magyar főurak jelentős részét, emiatt Szapolyai Jánosnak ideiglenesen Lengyelországba kellett menekülnie, és csak török támogatással tudott újból hatalomra kerülni. Gyakorlatilag a Bécs ellen vonuló török csapatok szerezték neki vissza Budát 1529-ben. Habsburg Ferdinánd az Oszmán Birodalom felé egymillió arany éves adó megfizetésére is kötelezte volna magát, ha török jóváhagyással egymaga uralhatta volna az országot.
Szapolyai János 1540 júliusában bekövetkezett halálát követően a Habsburg csapatok szinte évenkénti rendszerességgel támadták a Magyarországon állomásozó török hadakat és a török párton álló magyar seregeket. II. János király megválasztását követően Habsburg Ferdinánd újból hadsereget küldött Buda elfoglalására. Ettől az időtől kezdve terjedt el a mondás. hogy „két pogány közt, egy hazáért.”
II. János magyar király hatalma a keleti országrészre terjedt ki. Az ország nyugati részét a Habsburgok birtokolták, de az általuk uralt királyság gyakran csak a Vág folyó völgyéig húzódott. A Szapolyaihoz hű magyar urak elérték, hogy Szulejmán szultán már 1540 végén kinyilvánította azon szándékát, miszerint a magyar trónt János király fiának adja, illetve, hogy kész őt a Habsburgokkal szemben megvédelmezni.
A Ferdinánd seregei által ostromlott Budát felmentő török csapatok azt csellel elfoglalták – valójában a kész tények elé állított védők által megnyitott várba harc nélkül bevonultak –1541. augusztus 29-én, pontosan a mohácsi csata 15. évfordulóján. A török szultán álságos ígéretet tett arra, hogy csak II. János király felnőtt koráig őrzi meg Buda várát és ezt követően visszaadja a fővárost a magyar királynak. Addig is a királynénak és a gyermek királynak a „biztonságosabb” Erdélyt adja. A törökök megengedték, hogy a magyar állam kincstárát, okleveleit, és az uralkodói jelvényeket az özvegyen maradt Izabella királyné és fia II. János magyar király, illetve a teljes királyi udvar társzekereken szabadon elvihesse. A magyar királyi udvar először az uralkodói rezidencia számára alkalmatlan Lippára, az egyik ősi Szapolyai-birtokra, majd Gyulafehérvárra költözött, az egykori püspöki palotába, melyet átalakítottak királyi (később fejedelmi) lakhellyé. II. János király helyett a hatalmat 1551-ig Martinuzzi Fráter György, majd az ő meggyilkolása után Izabella gyakorolta haláláig, 1559-ig.
Fráter György és Izabella királyné uralkodása A Szapolyai János előtt fia és özvegye hatalmi igényének Habsburgokkal szembeni megvédésére hűségesküt tett, a gyermek János Zsigmond gyámjául rendelt, helytartói és kincstartói címmel felruházott Fráter György az Erdélyben történt berendezkedést követően fokozatosan szembehelyezkedett az özvegy királynéval. Izabella mozgásterét szűkítve politikai tárgyalásokba kezdett I. Ferdinánddal, akitől Magyarországnak keresztény uralom alatti egyesítését remélte. Noha a János Zsigmond érdekeivel ellentétes kezdeményezéseket a királyné élesen ellenezte, és több alkalommal bepanaszolta a barátot a Portánál, a török jelenlét hiányában egyre inkább elszigetelődött. Végül 1551-ben Fráter György katonái az Erdélybe bevonuló császári zsoldosokkal megerősítve körülzárták a gyulafehérvári udvart, és Izabellát János Zsigmonddal együtt foglyul ejtették, majd még ugyanezen év júliusában az ún. szászsebesi nyilatkozat aláírására kényszerítették, amelyben lemondott a koronáról, illetve a korábban Fráter György és Ferdinánd között tudtán kívül megkötött nyírbátori egyezményben kárpótlásként biztosított Oppeln (Opole) és Ratibor (Racibórz) sziléziai hercegségek fejében, magáról Erdélyről is. Száműzetésük döntő részét Lengyelországban töltötték a királyné testvérbátyja, II. Zsigmond Ágost lengyel király, védelme alatt.
Az oszmán megtorlástól tartva Fráter György a szultánt továbbra is igyekezett meggyőzni lojalitásáról, azonban hintapolitikája erős kétségeket, sőt félelmet keltett a bécsi udvarban. Minthogy a barát tevékenységét túlságosan veszélyesnek tartották, az uralkodó személyes parancsára Castaldo generális emberei Sforza Pallavicini zsoldoskapitány vezetésével, alvinci kastélyában 1551 decemberében több késszúrással megölték.
Habsburg Ferdinánd 1551-ben kezdődő uralma hamar kiábrándította a magyarokat és a székelyeket, sőt még az erdélyi szászok is elégedetlenkedni kezdtek. Ferdinánd első intézkedései közé tartozott, hogy a számára ismeretlen gazdag országot feltérképeztesse, hogy mennyi arany, ezüst, só és egyéb fontos ásvány van az országban, amivel növelni tudná saját hatalmát. Ferdinánd igyekezett kicserélni a teljes erdélyi állami adminisztrációt, lassan kiszorította a magyarokat minden funkcióból, pedig abban az időben Erdély lakosságának megközelítően 70%-a magyar vagy magyarul beszélő székely volt. Ferdinánd a magyarok és székelyek helyett németeket tett a különböző intézmények élére. Érdekes epizód Hans Dernschwam szepességi szász bankár, kereskedő, utazó leírásában jelzett tény, ami szerint ő maga, akit azért küldtek Erdélybe, hogy mérje fel az ország ásványkincsvagyonát, magyar ruhát csináltat, mert Erdélyben mindenki magyar, még a cselédek is, és ezért nem akar kitűnni a németes ruhájával.
Hamarosan kiderült, hogy Habsburg Ferdinándnak nincs elég ereje ahhoz, hogy egész Magyarországot megvédje, a török csapatok sorra foglalták el az ország fontos városait. Török kézre kerültek olyan fontos települések, mint Becse, Becskerek, Csanád, Lippa, Veszprém, Drégely, Szolnok, Temesvár, Karánsebes és Lugos.
A Ferdinánddal elégedetlen székelyek az 1554. március 1-re, Pozsonyba összehívott országgyűlésen két küldött kivételével távol maradtak, de azok is csak azért jelentek meg, hogy előterjesszék sérelmeiket. A székelyek ugyanis ragaszkodtak ősi jogszokásaikhoz, törvényeikhez, adómentességükhöz és szabadságjogaikhoz, amelyeket eddig az összes magyar király elismert. Ferdinánd 1554. április 26-án kiadta azt az oklevelet, amellyel megerősítette a székelyek korábban már több magyar király által elismert szabadságjogait, mivel tudatában volt annak, hogy nélkülük, illetve ellenükben Erdélyt és a Partiumot nem tudja megtartani. A székely nemzet életében nagyon fontos az 1555-ben megtartott székely nemzetgyűlés, amelyen az addigi jogszokásokat kodifikálták, egységes törvénybe foglalták Székelyudvarhelyen. A magyarul íródott Székely constitutio eredetiben fennmaradt, kiemelkedően fontos nyelvemlékünk. bélyegkép|János Zsigmond arcképe Ferdinánd azonban hiába kedvezett a székelyeknek, mert az uralmával elégedetlen erdélyi rendek a törökök egyre erősödő nyomásának, sőt fenyegetésének engedve 1556 januárjában kezdeményezték az országgyűlés összehívását Izabella királyné és II. János magyar király uralmának újbóli elismertetése érdekében.