W ciągu ponadtrzystuletniej historii kunsztu wodnego obiekt wielokrotnie odnawiano i przebudowywano. W roku 1562 miał miejsce jeden z pożarów, po którym trzeba było instalację odbudować. W latach 1573–1576 powstał nowy Kunszt Wodny, który został zniszczony w roku 1577 podczas oblężenia Gdańska przez polskiego króla Stefana Batorego. Odbudowano go ponownie w latach 1584–1593 z podziemnym systemem dostarczania wody do miasta.
Modernizację kunsztu wodnego przeprowadzili m.in. Adam Wijbe w latach 1639–1653 oraz Michael Wittwerck i Jean Charpentier w latach 1717–1719. Zachowano charakterystyczny kształt wieży, jednak wygląd budowli zmieniał się wraz ze stylami architektonicznymi. Rysunki Matthaeusa Deischa pokazują, że w połowie XVIII wieku Kunszt Wodny miał kształt czteropiętrowej wieży w stylu barokowym.
Wskutek pogarszającej się sytuacji gospodarczej Gdańska w XVIII wieku władze miasta przeznaczały coraz mniej środków na utrzymanie Kunsztu Wodnego. Po pożarze w maju 1852 nie został odbudowany – jego funkcję z czasem przejęła zainstalowana w 1869 roku sieć miejskich wodociągów. Resztki konstrukcji rozebrano około roku 1920.