Prezes, Wiceprezes oraz 5 Członków Zarządu wybierani na 3-letnią kadencję przez Walne Zgromadzenie Członków Towarzystwa Past-Prezes Skarbnik i Sekretarz Konsultant Krajowy w dziedzinie Nefrologii Redaktor Naczelny czasopisma Nefrologia i Dializoterapia Polska Redaktor Naczelny czasopisma Forum Nefrologiczne.
Kontrolę działalności Towarzystwa, przede wszystkim pod względem finansowo-gospodarczym przeprowadza co najmniej raz w roku Główna Komisja Rewizyjna.
Oddziały regionalne PTN W ramach PTN działa (2020) 8 oddziałów regionalnych:
Kongresy i konferencje PTN Kongresy PTN organizowane są raz na trzy lata. Dotychczas odbyły się:
W latach pomiędzy kongresami corocznie organizowane są konferencje naukowo-szkoleniowe PTN. Spotkania oddziałów regionalnych organizowane są 2–3 razy w roku.
Oprócz Kongresów i Konferencji pod auspicjami PTN organizowane są liczne inne spotkania naukowe i szkoleniowe, m.in.: Krakowskie Dni Dializoterapii im. Prof.