Kiedy 15 sierpnia 1568 roku Wilhelm ponownie wkroczył do Brabancji celem wznowienia wojny przeciwko Hiszpanom, będąca wówczas ponownie w ciąży Anna postanowiła opuścić Dillenburg wraz z całym swym dworem (liczącym wówczas około 43 osób), by oddalić się od niechętnej sobie matki Wilhelma i zamieszkać w Kolonii. Dwójka jej dzieci, Anna i Maurycy, została zabrana przez jej teściową do Braunfels aby uniknąć rozprzestrzeniającej zarazy. W następnym roku, mimo zażartej wojny z księżną-wdową, była w stanie sprowadzić do siebie dzieci. Jej córka Emilia przyszła na świat 10 kwietnia 1569 roku w Kolonii.
4 marca 1569 roku Anna spotkała się z mężem w Mannheim, gdzie Wilhelm był zmuszony schronić się po upadku powstania przeciwko rządom księcia Alby i Filipa II, króla Hiszpanii. W kilka miesięcy później opuścił Niemcy śpiesząc ze wsparciem francuskim hugenotom, którzy w owym czasie walczyli w obronie swojej wiary. Odkąd Wilhelm nie był w stanie zapewnić bytu swojej rodzinie, Anna była zmuszona poszukać innych źródeł wsparcia. Rozważała zarówno przekonanie księcia Alby do zwrócenia jej skonfiskowanych dóbr męża, jak i sprzedania za 12 tysięcy guldenów wciąż należących doń zamków w Diez lub Hadamar.