Reforma ta napotkała silny opór w starszych klasztorach dawnej obserwancji, jednak ostatecznie w 1593 roku karmelici bosi zostali oficjalnie uznani za odrębny, niezależny zakon (OCD).
Historia nowożytna mały|lewo|upright=0.9|Dawny klasztor karmelitów w Paryżu (Hôtel des Carmes), przejęty podczas rewolucji francuskiej i zamieniony w więzienie, w którym doszło do masakry kapłanów (1792). mały|prawo|upright=0.6|Św. Tytus Brandsma W epoce wielkich odkryć geograficznych i w odpowiedzi na falę reformacji, karmelici z Europy podjęli się pracy misyjnej w Nowym Świecie i Azji. Już w 1527 roku dotarli na Półwysep Jukatan, a z czasem założyli rozległe prowincje m.in. w Kolumbii, Panamie i w Brazylii (gdzie przybyli ok. 1579 roku). Otwarli także seminarium misyjne w Rzymie przygotowujące duchownych na misje na Daleki Wschód i do Afryki.