Wady MPI statyczna konfiguracja jednostek przetwarzających, statyczna struktura procesów w trakcie realizacji programu (dotyczy to implementacji opartych na MPI-1). Wersja MPI-2 (wspierana np. przez LAM 7.0.4) umożliwia dynamiczne zarządzanie strukturą procesów biorących udział w obliczeniach – MPI_Spawn(), brak wielowątkowości.
Funkcje Interfejs MPI ma na celu dostarczenie wirtualnej topologii, synchronizacji oraz zapewnienie komunikacji pomiędzy zestawem procesów (które zostały przypisane do węzłów/serwerów/instancji komputerów) w niezależny od języka sposób, przy podobnej do niego składni. Programy MPI zawsze współpracują z procesami, aczkolwiek programiści powszechnie odnoszą się do procesów jako procesorów. Zazwyczaj dla uzyskania maksymalnej wydajności, każdy CPU (lub rdzeń w wielordzeniowym procesorze) ma przypisany pojedynczy proces. Przypisanie to ma miejsce w czasie rzeczywistym przez agenta, który uruchamia program MPI (zazwyczaj nazywany mpirun lub mpiexec).