Osłabieni Bracia Muzułmańscy kontynuowali odtąd działalność głównie na emigracji. Po 1996, gdy na czele organizacji stanął Ali Sadr ad-Din al-Bajanuni, starali się budować wizerunek Bractwa jako ugrupowania umiarkowanego, gotowego do funkcjonowania w demokratycznym państwie, respektującego mniejszości religijne i prawa człowieka. Bracia prowadzili tajne rozmowy z prezydentem Hafizem al-Asadem, a po jego śmierci – z kolejnym prezydentem Baszszarem al-Asadem, starając się o zgodę na ponowną legalizację organizacji. Nie zakończyły się one powodzeniem. Podczas wojny domowej w Syrii Bracia Muzułmańscy działali w opozycji zrzeszonej w Narodowej Radzie Syryjskiej, a od 2013 wchodzą w skład Syryjskiej Koalicji Narodowej na rzecz Opozycji i Sił RewolucyjnychSyria opposition names Ghassan Hitto PM for rebel areas..
Jordania Jordańska gałąź Bractwa wspierała i broniła jordańskiego króla Husajna przed zakusami opozycji politycznej oraz próbami jego obalenia przez Nasera. W zamian król nie zakazał działalności Bractwa, tak jak to zrobił z innymi partiami. Bractwo utworzyło własną partię o nazwie Islamski Front Działań.