Syryjska gałąź Bractwa powstała w 1942 lub 1945-1946. Tworzyli ją syryjscy studenci, którzy wracali z Egiptu przesiąknięci ideami al-Banny, a jej pierwszym przywódcą był Mustafa as-Siba'i. W latach 1947 i 1949 wprowadzała do parlamentu syryjskiego po trzech deputowanych, kilkakrotnie współtworzyła rząd. Gdy w marcu 1963 drogą zamachu stanu władzę w Syrii przejęła partia Baas, Bracia Muzułmańscy znaleźli się w opozycji. Cieszyli się szczególnym poparciem miejskich notabli, kupców i zdeklasowanych posiadaczy ziemskich, którzy nie popierali socjalistycznego programu Baas. W 1964 usiłowali wzniecić w Hamie zbrojne powstanie, które zostało stłumione. Po tym wydarzeniu Bractwo Muzułmańskie w Syrii zostało zdelegalizowane.
Organizacje islamskie, nadal nielegalne, urosły w Syrii w siłę w kolejnej dekadzie, gdy pogorszyła się sytuacja ekonomiczna kraju. W drugiej połowie lat 70. XX wieku Bracia Muzułmańscy i inne organizacje fundamentalistyczne otwarcie wystąpiły przeciwko rządowi, organizując serię zamachów na urzędników państwowych i partyjnych oraz przedstawicieli alawickiej inteligencji. Władze państwowe odpowiadały represjami. Kulminacją konfrontacji było krwawo stłumione powstanie sunnickich fundamentalistów w 1982.