Sam al-Banna został zabity przez agentów rządowych w Kairze w lutym 1949.
W roku 1954 jeden z członków organizacji, której pozwolono ponownie działać, usiłował zabić Nasera podczas jednego z wieców w Aleksandrii. Bractwo zostało ponownie zdelegalizowane, a ponad 4000 jego członków zostało uwięzionych, w tym Said Kutb – czołowy intelektualista tej grupy. Wielu członków Bractwa uciekło do Jordanii, Libanu, Arabii Saudyjskiej i Syrii. W roku 1964 Naser ponownie zalegalizował działalność Bractwa i wypuścił wszystkich więźniów politycznych. Przyniosło to jednak odwrotny skutek i kolejną falę zamachów na prezydenta. W 1966 roku skazano na śmierć przywódców Bractwa, a pozostałych osadzono ponownie w więzieniach.
Następca Nasera Anwar as-Sādāt obiecał reformy, w tym wprowadzenie szariatu. Jednak podpisanie przez niego traktatu pokojowego z Izraelem bardzo rozgniewało Braci. I to prawdopodobnie oni przyłożyli rękę do jego zamordowania w roku 1981. W roku 1984 władze Egiptu ponownie zezwoliły na działalność Bractwa, ale tylko jako organizacji religijnej. Wszelkie ich działania poddane zostały jednocześnie silnemu nadzorowi służb bezpieczeństwa, co stało się przyczyną licznych tarć. Pod koniec lat 80. XX w.