Bractwo zaczęło rozszerzać swoje wpływy podczas II wojny światowej. Mieli nawet swojego reprezentanta w Jerozolimie. Był nim Wielki Mufti Jerozolimy, Haj Amin al-Husseini (matka Arafata, Hamida Khalifa al-Husseini była jego kuzynką, tak więc Arafat był jego bratankiem). Wielki Mufti udał się do Niemiec w czasie wojny i pomagał rekrutować międzynarodowe oddziały SS, złożone z muzułmanów. Mufti przyczynił się czynnie do powstania pułku „Mussulmanischen SS Neu-Turkistan”. Trzonem tej formacji mieli być członkowie batalionów wschodnich (kolaboranckie jednostki z obszaru ZSRR), głównie muzułmańscy Turkmeni. Uzupełniano ją potem stopniowo muzułmanami pracującymi jako przymusowa siła robocza w Niemczech. Jednostka uczestniczyła m.in. w tłumieniu Powstania Warszawskiego i powstania na Słowacji.

Pod koniec II wojny światowej, Bractwo Muzułmańskie było ścigane za zbrodnie wojenne, a ich niemieccy “nadzorcy” wywiadu zostali schwytani w Kairze.

Po II wojnie światowej członkowie Bractwa brali udział w wielu akcjach terrorystycznych, zwłaszcza przeciwko rządom króla Faruka. Po jego obaleniu popierali oni początkowo świeckie rządy rewolucyjnej rady Nasera. W grudniu 1948 jeden z Braci zabił egipskiego premiera, za co w 1949 nakazano rozwiązać organizację.