W międzyczasie, w związku z intensywną zabudową okolic kościoła i klasztoru zlikwidowano sąsiednią parafię San Vincenzo, (istniejącą od 1163 roku) przenosząc jej funkcje i wezwanie do kościoła Matki Bożej Pocieszenia.
XIX wiek W następstwie napoleońskiej kasaty zakonów w 1810 roku augustianie zostali zmuszeni do opuszczenia swego klasztoru. Powrócili do niego w 1816 roku, a ich kościołowi, oprócz zwykłych zadań klasztornych dodano funkcje parafialne w związku przeniesieniem tu pobliskiej parafii San Vincenzo, której kościół został początkowo przeznaczony na koszary, a później stał się klubem garnizonowym. Przy tej okazji do dotychczasowej dedykacji kościoła, Matki Bożej Pocieszenia (Nostra Signora della Consolazione), dodano wezwanie św. Wincentego Męczennika (San Vincenzo Martire). Począwszy od 1824 roku, przez prawie sto lat, prowadzono w kościele prace dekoracyjne, w które byli zaangażowani tacy artyści, jak: Giuseppe Paganelli, Michele Canzio, Giovanni Quinzio, Francesco Semino i Giuseppe Isola. 13 grudnia 1890 dekretem arcybiskupa Salvatore Magnasca kościół otrzymał tytuł prepozytury.