W jego murach znalazły się pozostałości pierwotnego kościoła, a także fragmenty pochodzące z kościołów: Sant’Agostino, San Vincenzo, San Sebastiano, San Camillo i Santa Maria della Pace, a także z oratoriów Rosario i Cintura. Zakonnicy przeznaczyli większość dostępnych środków nie na wyposażenie nowego kościoła, ale na adaptację pałacu na klasztor, tak by mógł on funkcjonować jako centrum kultury i życia chrześcijańskiego. Prace adaptacyjne rozpoczęły się w 1699 roku, a w 1708 roku zakonnicy wprowadzili się do nowego klasztoru. Nie powiodła się jednak przebudowa całego kompleksu pałacowego na klasztor, część jego pomieszczeń użytkowały (i użytkują do dziś) instytucje świeckie. Równolegle trwały prace wykończeniowe w kościele. W XVIII wieku udekorowano pod nadzorem Bernarda Schiaffina i Paola Gerolama Pioli ołtarz w prawym transepcie. Inne, drobne prace objęły udekorowanie kilku kaplic. W 1769 roku zbudowano kopułę. Klasztor zajmował powierzchnię 10 000 m², miał 4 piętra, z których ostatnie prawie całkowicie było zajęte przez bibliotekę.